De faibles niveaux de magnésium dans le cerveau sont liés à la dépression corticale envahissante, l'onde électrique qui provoque l'aura migraineuse. Le magnésium aide à bloquer les récepteurs NMDA, empêchant les nerfs de devenir surexcités.
Tous les magnésiums ne se valent pas. Les neurologues recommandent le glycinate de magnésium ou le thréonate de magnésium car ils sont hautement absorbables et moins susceptibles de causer des effets secondaires gastro-intestinaux par rapport au citrate de magnésium. La dose préventive standard est de 400–600 mg par jour.
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